Los órganos de gobierno de ISE Andalucía son los siguientes:
El Consejo Rector.
La Presidencia.
La Dirección general.
El Consejo Rector es el órgano superior del Ente Público, que gobierna la entidad y establece las directrices de actuación de la misma. Se reúne en sesión ordinaria al menos una vez cada tres meses y, en sesión extraordinaria, cuando lo acuerde la Presidencia.
